Çözüm sürecinin en önemli aşamalarından biri KCK içindeki yapılanma oldu. Abdullah Öcalan'ın bizzat İmralı'dan gönderdiği mektuplarla şekillendirdiği yeni yapılanmada görünen en önemli değişiklik Murat Karayılan'la Cemil Bayık'ın yer değiştirmesi oldu.PKK'yı da içinde barındıran KCK'nın bir numaralı yöneticisi olan ve Öcalan'ın yakalanmasının ardından bu görevi yürüten Karayılan silahlı güçlerin başına geçti. Örgütün yaşayan beş kurucusundan biri olan Cemil Bayık ise Karayılan'ın koltuğuna getirildi. Bu Öcalan'ın sürecin sorunsuz yürümesi, başka bir deyişle yol kazası yaşanmaması  için yaptığı bir önlem  olarak görüldü. Gözden kaçan bir detay ise özellikle  örgüt içi dengeleri sarstı.
Bahoz ve Sofi
Karayılan'ın başına getirildiği HPG olarak tanımlanan güçlerin bugüne değin en önemli iki yöneticisi Suriyeli isimlerdi. Türk kamuoyunun da yakından tanıdığı Dr.Bahoz Erdal kod adlı Fehman Hüseyin yıllarca bu gücün tek sorumlusu oldu.Hüseyin'in bir süre önce bu görevini devrettiği isimde yine bir Suriyeli olan Sofi Nurettin' kod adlı Nurettin Halef Al Muhammed oldu. Silahlı militanların çok uzun yıllardır denetim ve yönetiminin bu iki Suriye'li PKK'lıya verilmesinin temel nedenlerinden biri hiç kuşkusuz örgütteki Suriye'li militan sayısının önemli ölçüde artmasıydı. İkinci neden ise özellikle Bahoz Erdal'ın Suriye'deki Esad yönetimiyle yakın ilişkileri hatta Beşar Esad'ın okul arkadaşı olması.
Son değişiklikle biraz daha perde gerisine çekilen, kimi çevrelere göre pasifize edilen bu iki Suriye'liden Fehman Hüseyin örgüt içinde Dr.Bahoz Erdal kod adıyla tanınıyor.1969 yılında Suriye'de doğdu. Suriye'de tıp eğitimi aldığı sırada PKK'ya katıldı. Yaklaşık 23 yıldır örgüt içinde.  Beşar Esed ile sınıf arkadaşı olduğu belirtilen Hüseyin örgüt içinde özellikle savaşçı tavrıyla hızla yükseldi.  1992'de Şırnak kırsalında  Cudi bölge sorumluluğu yaptı. 2004 yılında ise HPG ana karargah komutanlığına getirildi. 2009'a kadar örgütün bütün askerî faaliyetlerinin en üst düzeyde sorumluluğunu yaptı. Bu süre içinde çok sayıda askerin şehit düştüğü Dağlıca ve  Aktütün Jandarma Karakolu baskınlarının yanısıra bir çok kanlı eylemin planlamasını yapıp talimatını veren isim olarak öne çıktı. 2009 yılında görevini bir başka Suriyeli Nurettin Sofi'ye devretti.Emniyet kaynaklarına göre  Bahoz Erdal da örgütün özel ordusu olarak nitelenen, intihar eylemleri ve suikastleri gerçekleştirmek üzere eğitilen Kürdistan Özgürlük Şahinleri isimli birimin sorumluluğuna getirildi.
Diyarbakır sorumlusuydu
PKK'nın yönetim kadrosundaki diğer önemli Suriyeli isim ise 'Sofi Nurettin' kod adlı Nurettin Halef Al Muhammed. 1990 yılında örgüte katıldı. Hakkari-Yüksekova-Şemdinli kırsalında  bölge sorumluluğu yaptı. Sofi, bölgede birçok silahlı eyleme katıldı. 2003-2007 yılları arasında Diyarbakır kırsalında eyalet koordinatörlüğü yaptı.  2009 yılında örgütün silahlı kanadı olan HPG ana karargah komutanlığını Bahoz Erdal'dan devraldı.