İlk etapta Merkez Bankası politikaları ve bağımsızlığı noktasında farklı görüş bildiren Başbakan Yardımcısı Ali Babacan ve Ekonomi Bakanı Zafer Çağlayan daha sonra da büyüme noktasında görüş ayrılığına düşmüştü.
Geçtiğimiz yıl iki bakan arasında ipler gerilmişti. Başbakan Yardımcısı Ali Babacan, 2008’de 132 milyar dolarlık ihracat rekorunun 1.29 TL’lik dolar kuruna rağmen geldiğini, bu yüzden 1.67 ortalama dolar kuru ile 2011’de kırılan 134 milyar dolarlık ihracatın yetersiz olduğunu söylemişti. Ekonomi Bakanı Zafer Çağlayan: İhracat rakamlarını eleştirenlere en büyük cevabı ihracatçılarımız 150 milyar dolarlık ihracatı yakalayarak verecek, güzel bir şamar vuracaktır..." diyerek Babacan' cevap vermişti.
Yine 2012'de iki bakan arasında dikkat çeken başka bir tartışma da gaz fren ile olmuştu. Başbakan Tayyip Erdoğan, "Yol sisli, virajlı şoför gaza basmaz" diyen Başbakan Yardımcısı Ali Babacan'a, "Balataları yakmalayalım" şeklinde karşılık veren Ekonomi Bakanı Zafer Çağlayan'a destek verdi. Erdoğan, "Mali disiplinden taviz vermek gibi birşey düşünmüyoruz. Ama bu fren gibi algılanmasın" demişti. Fren-gaz polemiğinde Bakan Zafer Çağlayan’dan yana tavır alan Erdoğan ekonomi yönetiminde zaman zaman fikir ayrılıklarının olabileceğini ifade etmişti.
Erdoğan, Bakanlar Ali Babacan, Mehmet Şimşek, Zafer Çağlayan, Cevdet Yılmaz ve Nihat Ergün’nün isimlerini tek tek sıraladıktan sonra "Ekonomi yönetimindeki arkadaşların başarılı olduğunu düşünüyorum. Sürekli bir aradalar. Bazı konulara farklı yaklaşımlar olabilir. Mali disiplinden taviz vermek gibi birşey düşünmüyoruz. Ama bu fren gibi algılanmasın" diye konuşmuştu.
ŞİMDİ DE GÜMRÜK BİRLİĞİ
Son iki haftadır Gümrük Birliği üzerinde oluşan tartışmalar ile iki bakan yeniden karşı karşıya geldi.
ABD ve AB’nin ticari ilişkileri güçlendirmek için attığı adımlar sonrasında Ekonomi Bakanı Zafer Çağlayan Gümrük Birliği anlaşmasından ‘kazık yemeye başladık’ diyerek yorumunu dil getirirken Serbest Ticaret Anlaşması'nın Türkiye'nin tamamen aleyhine olduğunu belirtmişti. Çağlayan değerlendirmesinde , "Bu artık, 'esaret anlaşması' anlamına gelmiştir. Geldiğimiz ortamda evet benim de ardında durduğum Gümrük Birliği'nden, maalesef Türkiye kazık yemeye başladı. Benim derdim bu." dedi. AB’yi riyakar ve iki yüzlü olarak suçlayan Çağlayan bıçağın kemiği de geçtiğini iliğe dayandığını belirtmişti.
Çağlayan tepkisini "Bu artık, 'esaret anlaşması' anlamına gelmiştir. Türkiye'nin Gümrük Birliği'ne dahil edenler AB'nin üçüncü ülkelere yapacağı anlaşmaya Türkiye'yi taraf olmaya koymamışlardır. Sorduk 'niye koymadınız' diye. Bana, 'efendim AB, Rum Kesimi'nin AB üyesi yapacaktı, biz de onlarla ticaret yapmak durumunda kalırdık' cevabını verdiler. Sevsinler seni. Böyle bir şey olur mu? Güney Kıbrıs'ın tamamı ticaret olsa kaç yazar arkadaşlar. Bankaları kapalı 10 milyar Euro bulmak için çırpınıyorlar." diyerek gösterdi.

Ali Babacan, Türkiye'nin Gümrük Birliği'nden bir dönem istifade ettiğini ancak son dönemde AB'nin, üçüncü taraflarla yaptığı serbest ticaret anlaşmalarının Türkiye'yi olumsuz etkilediğini, Türkiye'nin en büyük şikayetinin bu anlaşmalar olduğunu belirtti.
Babacan değerlendirmesine ''Son zamanlarda bu serbest ticaret anlaşmaları bizim canımızı yaktıkça, bizim feryadımız yükseliyor tabii'' derken çıkışın düşünüldüğü gibi kolay olmadığını kaydederken ‘çık deyince çıkılmıyor’ dedi.