Mustafa Balbay, 5 Mart 2009 Perşembe günü sabahı Ergenekon soruşturması kapsamında gözaltına alınmış, 6 Mart 2009 günü çıkarıldığı mahkeme tarafından hükümeti düşürmeye teşebbüs suçlamasıyla tutuklanmıştı.
24. Dönem İzmir Milletvekili seçilen Balbay, Tuncay Özkan ile aynı koğuşta kalıyor.