İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Terör ve Örgütlü Suçlar Bürosu savcılarından Faruk Söker, belgelerin yayınlandığı dönemin Taraf gazetesi sorumlularının da aralarında bulunduğu 5 şüpheliyle ilgili 276 sayfalık iddianame hazırlamıştı. Hazırlanan iddianamede Mehmet Baransu ile Tuncay Opçin için de 75 yıla kadar hapis isteniyor. Opçin yurt dışında bulunduğu için duruşmaya katılmayacak.
İddianamede, soruşturma konusunun, İstanbul 1. Ordu Karargahı'nda "çok gizli, gizli" ibareleri ile yüksek güvenlikli kozmik odalarda korunması gereken, "devletin güvenliğine iç veya dış siyasal yararlarına ilişkin belge veya vesikaların kısmen veya tamamen yok edilmesi, imha edilmesi, çalınması, bulundukları yerden gizlice alınması, temin edilmesi, açıklanması" suçlarının olduğu belirtilerek, şüphelilerden Tuncay Opçin'in 'Paralel Yapı' yöneticisi, diğer şüphelilerden Mehmet Baransu'nun ise örgütün üyesi olduğu yönünde kamu davasının açılmasını gerektirecek nitelikte ciddi deliller bulunduğu aktarıldı.
Opçin ve Baransu'nun, temin ettikleri belge ve vesikaların, Ahmet Altan, Yasemin Çongar, ve Yıldıray Oğur aracılığıyla Taraf gazetesinde yayımlanmasını sağladıkları ve şüphelilerin 'Paralel Yapı'da yapılandıkları kaydedilen iddianamede, Altan, Çongar ve Oğur'un, 'Paralel Yapı' üyesi olmadıkları vurgulandı. (T24)